Molecular Phylogeny of Zooxanthellate Bivalves
Biol Bull Maruyama et al.
195: 70
Data Supplement
The alignment of 18S rDNA sequences of the clams
1 11 21 31 41 51 60
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L. kambeul TCTCAAAGAT TAAGCCATGC ATGTCTAAGT TCACACTGTC ------TCAC GGTGAAACCG
M. edulis .......... .......... .......... A..T...T.T ......A..T A.........
P. magellanicus .......... .......... .......... A..T...T.T .......G.T ..........
C. islandica .......... .......... .......... A..T...T.T .......G.T ..........
S. solidissima .......... .......... .......... A...G.CTCA ......A... ..C..G..T.
T. nuttali .......... .......... .......... A...G.CTCA ......A... ..C..G..T.
C. cardissa ...T...... .......... .A..G..... A.GGC.CTA. TCTTTGAGGG ..C..G..T.
F. fragum ...T...... .......... .A..G..... A.GGC.CTA. TCTTCGAGGG ..C..G..T.
F. unedo ...T...... .......... .A..G..... A.GGC.CTA. TCTTCGAGGG ..C..G..T.
V. flavum ...T...... .......... .A..G..... A.GGC.CT.. .CATTG.GGG ..C..G..T.
F. mutica ...T...... .......... .A..G..... A.GGC.CT.. .CATTG.GGG ..C..G..T.
H. hippopus ...T...... .......C.. .A........ A.GGC.CT.. .CATCG.GGG ..C..G..T.
H. porcellanus ...T...... .......... .A........ A.GGC.CT.. .CATCG.GGG ..C..G..T.
T. gigas ...T...... .......... .A........ A.GGC.CT.. .CATTG.GGG ..C..G..T.
T. derasa ...T...... .......... .A........ A.GGC.CT.. .CATTG.GGG ..C..G..T.
T. crocea ...T...... .......... .A........ A.GGC.CT.. .CATTG.GGG ..C..G..T.
T. maxima ...T...... .......... .A........ A.GGC.CT.. .CATTG.GGG ..C..G..T.
T. squamosa ...T...... .......... .A........ G.GGC.CT.. .CATTG.GGG ..C..G..T.
61 71 81 91 101 111 120
| | | | | | |
L. kambeul CGAATGGCTC ATTAAATCAG TCGAGGTTCC TTAGATGACA CGA---TCCT ACTTGGATAA
M. edulis .......... .......... .TAT...... ......CGT. .A........ ..........
P. magellanicus .......... .......... .TAT...... ......CGT. .......... ..........
C. islandica .......... .......... .TAT...... ......CGT. .......... ..........
S. solidissima .......... .......... .TAT...... ......CGT. .A........ ..........
T. nuttali .......... .......... .TAT...... ......CGT. .A........ ..........
C. cardissa ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..GCCAG AAC..CA.T. ..........
F. fragum ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..GCCAG AAC..CA.T. ..........
F. unedo ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..GCCAG AAC..CA.T. ..........
V. flavum ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..GCCAG .....AAT.. ..........
F. mutica ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..GCCAG .....AAT.. ..........
H. hippopus ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..CACTG G.CTTA.T.. ..........
H. porcellanus ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..CACTG G.CTTA.T.. ..........
T. gigas ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..A.CTG G.C..A.T.. ..........
T. derasa ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..A.CTG G.C..A.T.. ..........
T. crocea ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..A.CTG G.C..A.T.. ..........
T. maxima ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..A.CTG G.C..A.T.. ..........
T. squamosa ..G.C..... .......... .TAT.A.... CAG..A.CTG G.C..A.T.. ..........
121 131 141 151 161 171 180
| | | | | | |
L. kambeul CTGTGGCAAT TCTAGAGCTA ATACATGCTT ACCA-AGCTC CG-------A CCC---TCGC
M. edulis ......T... .......... .......AA- G.AC.G.... T......... ..-.......
P. magellanicus .......... .......... ........A- .AA..G..A. .......... .--.....A.
C. islandica .......... .......... ........A- .AA..G..A. .......... .--.....A.
S. solidissima .......... .......... ........A- ..AC...... .......... ......G..A
T. nuttali .......... .......... ........A- ..AC...... .......... ......G..A
C. cardissa .......... .......... ........AC TTT....... .A.....CCT G..CCG.TCG
F. fragum .......... .......... ........AC TT........ .A.....CCT G..CCG.TCG
F. unedo .......... .......... ........AC TT........ .A.....CCT G..CCG.TCG
V. flavum .......... .......... .....C..-. ..TGA....T ....TCGCCG ..TTCC...T
F. mutica .......... .......... .......A-. ..TGA....T ....CCGTCG ..TTCC....
H. hippopus .......... .......... ........A. CA..T..... ..GTCGTCCT G..GTC...G
H. porcellanus .......... .......... ........A. CA..T..... ..GTCGTCCT G..GTC...G
T. gigas .......... .......... ........AC GAA.C....T ....CTATCG T..CTC.G.T
T. derasa .......... .......... ........AC GAA.C....T ....CAATCT T..CTC.G.T
T. crocea .......... .......... ........AC GAA.C....T ....CAATCC T..CTC.G.T
T. maxima .......... .......... ........AC GAA.C....T ....CAATCC T..CTC.G.T
T. squamosa .......... .......... ........AC GAA.C....T ....CAATCC T..CTC.G.T
181 191 201 211 221 231 240
| | | | | | |
L. kambeul GGAAA----- --GAGCGCTT TTATTAGT-T CAAAACCAAT C-GTC----- -GTTGCC-CT
M. edulis .......... ........G. .......A.. ........G. ...GG..... .TCC..-.--
P. magellanicus ...G-..... ...T...A.. ....C....C .......... ...G-..... .-.C..-.--
C. islandica ...G-..... ...T...A.. ....C.A... .......... ...G-..... .-.C..-.--
S. solidissima ..GG.A.... .......... ..G....C.C .......... .C.GG..... .T.C.....G
T. nuttali ..GG.A.... .......... ..G....C.C .......... .C.GG..... .T.C.....G
C. cardissa C.GGGCGGGA GGTT....AC C.G....CC. .G...GGCGG TG.CT..... .------.--
F. fragum C.GGGCGGGA GGTT....AC C.G....CC. .G...GGCGG TG.CT..... .------.--
F. unedo C.GGGCGGGA GGTT....AC C.G....CC. .G...GGCGG .G.CT..... .------.--
V. flavum ...GGTGGCA .G......AC ..G....C.C TC........ .G.GTGTCTG CCG.C.GCGA
F. mutica ...GGCGGCA .G......GC ..G....C.C TC........ .C.G-..... CTG.CT.GGG
H. hippopus C.GC.GGCGA TG...T..AC ..G....CAC .G.......C GT..-..... .------.--
H. porcellanus C.GC.GGCGA TG...T..AC ..G....CAC .G.......C GT..-..... .------.--
T. gigas A.GG.CGAGA .G......AC ..G....C.C TG.......C GT.--..... .------.--
T. derasa A.GG.GGAGA .G......AC ..G....C.C .G.......C GT.A-..... .------.--
T. crocea A.GG.GGAGA .G......AC ..G....C.C .G.......C GTAA-..... .------.--
T. maxima A.GGCGGAGA .G......AC ..G....C.C .G.......C GTAA-..... .------.--
T. squamosa A.GG.GGAGA .G......AC ..G....C.C .G.......C GTAA-..... .------.--
241 251 261 271 281 291 300
| | | | | | |
L. kambeul TCAGCG---- ---------- ---------G GCGCGGCG-- TCCAACTGGT GA-CTCTGGA
M. edulis ------.... .......... .........A AG.GCC.... ..GG.T.... ...GA.....
P. magellanicus ------.... .......... .........A AG.--C.... ..ACT..... ...A......
C. islandica ------.... .......... .........A AG.--C.... ..A.TT.... ...A......
S. solidissima ...AAC.... .......... .......... ...GCC..GC C.A.CG.... ......C.A.
T. nuttali ...AAC.... .......... .......... ...GCC..GC C.A.CG.... ......C.A.
C. cardissa ------.... .......... .........T CG.TCC..TC GAA.GGA.A. ..A.......
F. fragum ------.... .......... .........T CG..CC..TC GAA.GGA.A. ..AT......
F. unedo ------.... .......... .........T CG..CC..TC GAA.GGA.A. ..AT......
V. flavum CGGT..TTGT TTCAGCGTCC GCAGGGCGGT .GCGC..CGG .A.CTT.... ..AT......
F. mutica .GTC..TCCG CTCTCGGGTG GCGGCCCCG- ...ACT.CGG .A.CTA..A. ..AT......
H. hippopus ------.... .......... .........- T-------.. ----TTA... ..A.......
H. porcellanus ------.... .......... .........- T-------.. ----TTA... ..A.......
T. gigas ------.... .......... .........- T-------.. ----TT.... ..A.......
T. derasa ------.... .......... .........- T-------.. ----TT.... ..A.......
T. crocea ------.... .......... .........- T-------.. ----TT.... ..A.......
T. maxima ------.... .......... .........- T-------.. ----TT.... ..A.......
T. squamosa ------.... .......... .........- T-------.. ----TT.... ..A.......
301 311 321 331 341 351 360
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L. kambeul TAACTTTGTG CTGATCGCAT GGCCTTCTGT GCCGGCGACG CATCTTTCAA ATGTCTGCCC
M. edulis .......... .........C ....-..-.C .......... T......... ..........
P. magellanicus .......... .........C ....C.A-.. .......... T......... .......A..
C. islandica .......... .........C ....C..-.A .......... T......... .......A..
S. solidissima C......... .C........ .C..--TA.C .G........ .......... G.........
T. nuttali C......... .C........ .C..--TA.C .G........ .......... G.........
C. cardissa C.G....T-. .C.......C .....CT..A .........A T.C....... G......A..
F. fragum C.G....--. .C.......C ......T..A .......... T.C....... G......A..
F. unedo C.G....--. .C.......C .....CT... .......... T.C....... G......A..
V. flavum C......--. .C.....-CA T.G.C.T..C .........A T......... G......A..
F. mutica C....C.--. .C.....-CA T.G.C.TC.. .........A T......... G......A..
H. hippopus C......--. .CA....-CA ..G.CA.... ........TA GT........ G......A..
H. porcellanus C......--. .CA....-CA ..G.CA.... ........TA GT........ G......A..
T. gigas C......--. .C.....-CA ..G.C..... .........A T......... G......A..
T. derasa C......--. .C.....-CA C.G.C..... .........A T......... G......A..
T. crocea C......--. .C.....-CA ..G.C.T... .........A T......... G......A..
T. maxima C......--. .C.....-CA ..G.C.T... .........A T......... G......A..
T. squamosa C......--. .C.....GCA ..G.C.T... .........A T......... G......A..
361 371 381 391 401 411 420
| | | | | | |
L. kambeul TATCAAATGT CGATGGTACG TGACATGCCT ACCATGTTTG TAACGGGTAA CGGGGAATCA
M. edulis ......C.T. .......... ...T...... ......G... .......... ..........
P. magellanicus ......C.T. .......... ..CT...... ......G... .......... ...A......
C. islandica ......C.T. .......... ..CT...... ......G... .......... ...A......
S. solidissima ......C.T. .......... ..CT...... ......G.GA ..T....... ..........
T. nuttali ......C.T. .......... ..CT...... ......G.GA .......... ..........
C. cardissa .....T.C-. A......TT. C.CTC...GC ......G... .......... ..........
F. fragum .....T.C-. A......TT. C..TC...GC ......G... C.......G. ..........
F. unedo .....T.C-. A......TT. C..TC...GC ......G... C.......G. ..........
V. flavum .....C.C-. A......TT. C.CTC...GC ......G.GA C.......G. ..........
F. mutica .....C.C-. A......TT. C.CTC...GC ......G.GA C.......G. ..........
H. hippopus .....T.C-. A......TT. C.CTC...GC ......G..A CT........ ..........
H. porcellanus .....T.C-. A......TT. C.CTC...GC ......G..A CT........ ..........
T. gigas .....T.C-. G......TT. C.CTC...GC ......G..A C.......G. ..........
T. derasa .....T.C-. G......TT. C.CTC...GC ......G..A C.......G. ..........
T. crocea .....T.C-. G......TT. C.CTC...GC ......G..A C.......G. ..........
T. maxima .....T.C-. G......TT. C.CTC...GC ......G..A C.......G. ..........
T. squamosa .....T.C-. G......TT. C.CTC...GC ......G..A C.......G. ..........
421 431 441 451 461 471 480
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L. kambeul GGGTTCGATT CCGGAGAGGG AGCATGAGAA ACGGCTACCA CATCCAAGGA AGGCAGCAGG
M. edulis .......... .......... .......... .......... .......... ..........
P. magellanicus .......G.. .......... .......... .......... .......... ..........
C. islandica .......G.. .......... .......... .......... .......... ..........
S. solidissima .......G.. .......... .........T .......... .......... ..........
T. nuttali .......G.. .......... .........T .......... .......... ..........
C. cardissa .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
F. fragum .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
F. unedo .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
V. flavum .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
F. mutica .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
H. hippopus .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
H. porcellanus .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
T. gigas .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
T. derasa .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
T. crocea .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
T. maxima .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
T. squamosa .......... .......... .......... ......G... .......... ..........
481 491 501 511 521 531 540
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L. kambeul CA--CAACTT ACCCACTCC- GGCACGGAGG GGTAGTGACG AAAAATAACA ATACGGGACT
M. edulis .GCG...A.. .........T .......G.A .......... .......... ..........
P. magellanicus .GCG...A.. .........T .......G.A .......... .......... ..........
C. islandica .GCG...A.. .........T .......G.A .......... .......... .......G..
S. solidissima .GCG...A.. .........C .A.....G.A .......... .......... ..........
T. nuttali .GCG...A.. .........C .A.....G.A .......... .......... ..........
C. cardissa ..CG...... .....A.G.C .A.....C.A .......... .......C.. ........GC
F. fragum ..CG...... .....A.G.C .A.....C.A .......... .......C.. ........GC
F. unedo ..CG...... .....A.G.C .A.....C.A .......... .......C.. ........GC
V. flavum ..CG...... .....A.G.C .AG....C.A .......... .......... .........C
F. mutica ..CG...... .....A.G.C .AA....C.A .......... .......... .........C
H. hippopus ..CG...... .....A.G.C .A.....C.A .......... .......C.. ........G.
H. porcellanus ..CG...... .....A.G.C .A.....C.A .......... .......C.. ........G.
T. gigas ..CG...... .....A.G.C .A.....C.A .......... .......C.. ........G.
T. derasa ..CG...... .....A.G.C .A.....C.A .......... .......C.. ........G.
T. crocea ..CG...... .....A.G.C .A.....C.A .......... .......C.. ........G.
T. maxima ..CG...... .....A.G.C .A.....C.A .......... .......C.. ........G.
T. squamosa ..CG...... .....A.G.C .A.....C.A .......... .......C.. ........G.
541 551 561 571 581 591 600
| | | | | | |
L. kambeul CTTT---CGA GGCCCCGTAA TTGGAATGAG TACACTTTAA ACCCTTTAAC GAGGATCTAT
M. edulis .......... .......... .......... .......... .......... ..........
P. magellanicus .......... .......... .......... .......... .......... ...T...C..
C. islandica .......... .......... .......... .......... .......... ...T...A..
S. solidissima .......... ....T..... .......... .......... .T........ .......C..
T. nuttali .......... ....T..... .......... .......... .T........ .......C..
C. cardissa .GC.ACA..C ..T....C.. ...A...... ......C... .T........ ..........
F. fragum .GC.ACA..C ..T....C.. ...A...... ......C... .T........ ..........
F. unedo .GC.ACA..C ..T....C.. ...A...... ......C... .T........ ..........
V. flavum ..C.TTA... .TT....C.. ...A...... ....T.C... .......... .......A..
F. mutica ..C.TTA... .TT....C.. ...A...... ....T.C... .T........ .......A..
H. hippopus ..C.ACA... ..T....C.. ...A...... ......C... .T........ ..........
H. porcellanus ..C.ACA... ..T....C.. ...A...... ......C... .T........ ..........
T. gigas ..C.ACA... ..T....C.. ...A...... ......C... .T........ ..........
T. derasa ..C.ACA... ..T....C.. ...A...... ......C... .T........ ..........
T. crocea ..C.ACA... ..T....C.. ...A...... ......C... .T........ ..........
T. maxima ..C.ACA... ..T....C.. ...A...... ......C... .T........ ..........
T. squamosa ..C.ACA... ..T....C.. ...A...... ......C... .T........ ..........
601 611 621 631 641 651 660
| | | | | | |
L. kambeul TGGAGGGCAA GTCTGGTGCC AGCAGCCGCG GTAATTCCAG CTCCAATAGC GTATATTAAA
M. edulis .......... .......... .......... .......... .......... ..........
P. magellanicus .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. islandica .......... .......... .......... .......... .......... ..........
S. solidissima .......... .......... .......... .......... .......... ..........
T. nuttali .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. cardissa .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C..T
F. fragum .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C..T
F. unedo .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C..T
V. flavum .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C...
F. mutica .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C...
H. hippopus .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C...
H. porcellanus .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C...
T. gigas .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C...
T. derasa .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C...
T. crocea .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C...
T. maxima .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C...
T. squamosa .......... .......... .......... .......... .......... ....G.C...
661 671 681 691 701 711 720
| | | | | | |
L. kambeul GTTGTTGCAG TTAAAAAGCT CGTAGTTGGA TCTCAGGCGC AGGCGGGCGG T---CCGGC-
M. edulis .......... .......... .......... ....G..TC. ....T..... .......A..
P. magellanicus .......... .......... .......... .......TC. ....TT.... ......ACT.
C. islandica .......... .......... .......... .......TC. ....TT.... ......ACT.
S. solidissima ....C..... .......... .......... ....G..T.. ....TT.... .......C..
T. nuttali ....C..... .......... .......... ....G..T.. ....TT.... .......C..
C. cardissa .C..C...G. ......C... .......... ....G.TGA. G...C.A.C. .CTCG.TCTC
F. fragum .C..C...G. ..G...C... ..G....... ....G.TGA. G...C.A... .CTCG.TCTC
F. unedo .C..C...G. ..G...C... ..G....... ....G.TGA. G...C.A... .CTCG.TCTC
V. flavum ........G. ..G....... .......... ....GATGTA G...T..... ....G..C.C
F. mutica ........G. ..G....... .......... ....GATGC. G...T..... ....G..C.C
H. hippopus ........G. .......... .......... .....C.GCA G...C...AT ....T..CT.
H. porcellanus ........G. .......... .......... .....C.GCA G...C...AT ....T..CT.
T. gigas .C..C...G. .......... .......... ......AGTG G...T..... ....G..CT.
T. derasa .C..C...G. .......... .......... ......AGTG G...T..... ....G..CT.
T. crocea .C..C...G. .......... .......... ......AGTG G...T..... ....G..CT.
T. maxima .C..C...G. .......... .......... ......AGTG G...T..... ....G..CT.
T. squamosa .C..C...G. .......... .......... ......AGTG G...T..... ....G..CT.
721 731 741 751 761 771 780
| | | | | | |
L. kambeul -TCGCGCCG- ------T-TC ACTGCCCGTT ----GTCCTC CTGCCCT--- ----------
M. edulis .G.CT.T... ......G..T ......T.C- ....----.. ...A...... ..........
P. magellanicus .C.TT.GT.. ......G.CT .....T..-- ....----.. ...A...... ..........
C. islandica .C.TT.GT.. ......G.CT .....T..-- ....----.. ...A...... ..........
S. solidissima ......G... ......G... .....T..-- ....----.. ...A...... ..........
T. nuttali ......G... ......G... .....T..-- ....----.. ...A...... ..........
C. cardissa GGA...AT.C ACGGTTGGCG .TA.GGG.AG AGTC..TT.G .G..TTCTCC TTACTAGCTC
F. fragum GGA...AT.C ACGGTCGGCG .TA.GGGAGG ......TTAA .C..T..CCC TTGC...CTC
F. unedo GGA...AT.C ACGGTCGGCG .TA.GGGAGG ......TTAA .C..T..CCC TTGC...CTC
V. flavum G.A.T.G..T T......TCT ......A..G ....-----. ....GA.A.. .........A
F. mutica G.A.T.GT.T T......TCT ......A..G ....-----. .G..GA.A.. .........A
H. hippopus G.TTTAGT.C A.....GTCG .A..TAAAAC ....-----G .C.TGTCCCT GTAG.C...A
H. porcellanus G.TTTAGT.C A.....GTCG .A..TAAAAC ....-----G .C.GGTCCCT GTAG.C...A
T. gigas G.A...G... ......ATCT ......TAAC ....-----. .CAA.GAT.. ..........
T. derasa G.A...G... ......ATCT ......ACAC ....-----. .CATG.A... ..........
T. crocea G.A...G... ......ATCT ......ATAC ....-----. .CATG.A... ..........
T. maxima G.A...G... ......ATCT ......ATAC ....-----. .CATG.A... ..........
T. squamosa G.A...G... ......ATCT ......ATAC ....-----. .CATG.A... ..........
781 791 801 811 821 831 840
| | | | | | |
L. kambeul --ACCGTCTG CCGGCTCTC- ------T--C CCGCGGGTGC TCTTCGCTGA GCGTCCC---
M. edulis .....---.C ....T.T.T. ........CG ..CTT..... ....GA.... .T...T....
P. magellanicus .....---.C ....T.T.-. ......-..A ..CTT..... ....GAT... .T...T....
C. islandica .....---.C ....T.T.-. ......-..A ..CTT..... ....GAT... .T...T....
S. solidissima ..C.A---C. ....T.G... ......C.G. G.CTT..... ....GAT... .T...T....
T. nuttali ..C.A---C. ....T.G... ......C.G. G.CTT..... ....GAT... .T...T....
C. cardissa CGT..C.... T.C.GAACA. ......CCTA G.C....... ....GA.... .TCG.T.GGT
F. fragum CGT..C.... T.C.GAA.GT ATTTGTCCTA G.C....... ....GA.... .TCG.T.GGT
F. unedo CGT..C.... T.C.GAA.GT ATTTGTCCTA G.C....... ....GA.... .TCG.T.GGT
V. flavum AT.GA.G.C. G...ACT.G. ......-.TT ..CTT..... ....GA.... ...G.TT...
F. mutica AA.GA.G.C. G.A.T.T.G. ......-.TT ..CTT..... ....GA.... .T.G.TT...
H. hippopus AAC.ACAAC. G.AA.AACA. ......-.C. GT.G.A.... ....GA.... .T...T.CCT
H. porcellanus AAC.ACAAG. G.AA.AACA. ......-.C. GT.G.A.... ....GA.... .T...T.CCT
T. gigas AA.ATTGAC. G.A.-AACA. ......-.GA .TCG.C.... ....GA.... .T..GT....
T. derasa ....TTGAC. G.A.-AACA. ......-.GA .TCG...... ....GA.... .T..GT....
T. crocea ....TTGAC. G.A.-AACA. ......-.GA .TCG...... ....GA.... .T..GT....
T. maxima ....TTGAC. G.A.-AACA. ......-.GA .TCG...... ....GA.... .T..GT....
T. squamosa ....TTGAC. G.A.-AACA. ......-.GA .TCG...... ....GA.... .T..GT....
841 851 861 871 881 891 900
| | | | | | |
L. kambeul --GGGTG-GC CGGCGCGTTT ACTTTGAAAA AATTAGAGTG TTCAAAGCAG GCCCCAGCTG
M. edulis .......... ...AA..... .......... .-........ .......... ..AAT.-TC.
P. magellanicus .......... ...AA.A... .......... .-........ .......... ..AAT--TC.
C. islandica .......... ...AA.A... .......... .......... .......... ..AAT--TC.
S. solidissima ....CC.... ...AA..... ........G. .......... C......... ...ATT..C.
T. nuttali ....CC.... ...AA..... ........G. .......... C......... ...ATC....
C. cardissa G.CCA..... ...ACGC..C ...G...... .......... C......... ...T..-G..
F. fragum G.CC-..... ...ACGC..C ...G...... .......... C......... ...T..-G..
F. unedo G.CC-..... ...ACGC..C ...G...... .......... C......... ...T..-G..
V. flavum .......... ...AA..... ...G...... .......... C....G.... ...TAC-G..
F. mutica .......... ...AA..... ...G...... .......... C....G.... ...TAC-G..
H. hippopus CCA....A.. .C.AA..... ...G...... ......G... C......... ...TTC-G..
H. porcellanus CCA....A.. .C.AA..... ...G...... ......G... C......... ...TTC-G..
T. gigas .......... ...AA..... ...G...... ......G... C......... ...TTC-G..
T. derasa .......... ...AA..... ...G...... ......G... C......... ...TTC-G..
T. crocea .......... ...AA..... ...G...... ......G... C......... ...TTC-G..
T. maxima .......... ...AA..... ...G...... ......G... C......... ...TTC-G..
T. squamosa .......... ...AA..... ...G...... ......G... C......... ...TTC-G..
901 911 921 931 941 951 960
| | | | | | |
L. kambeul CCTGAATAAT GGTGCATGGA ATAATGGAAT AGGACCTCGG TTCTATTTTG --------TT
M. edulis .......... .......... .......... .......... .......... ........C.
P. magellanicus .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. islandica .......... .......... .......... .......... .......... ..........
S. solidissima .......... .......... .......... .......... .......... ........C.
T. nuttali .......... .......... .......... .......... .......... ........C.
C. cardissa ..G.C...TC .C........ ..G..A..GA .......... CG.ACGACCC CTGA...CCA
F. fragum ..G.T...TC .C........ ..G..A..GA .......... CG.GTGCCCT CTG.....--
F. unedo ..G.T...TC .C........ ..G..A..GA .......... CG.GTGCCCT CTG.....--
V. flavum ..C.....C. .......... .....A..GG .T........ CG.C.CG..T .......G..
F. mutica ..C.....C. .......... .....A.... .......... CG.C.CG..T .......G..
H. hippopus ..C.....TC .......... .....A..GA .......... C..C.C.CCT CTTGAACG..
H. porcellanus ..C.....TC .......... .....A..GA .......... C..C.C.CCT CTTGAACG..
T. gigas ..G.....G. .......... .....A..GA .......... C...GC.C.T .......G..
T. derasa ..C.....C. .......... .....A..G. .......... C..C.G.C.T .......G..
T. crocea ..C.....C. .......... .....A..G. .......... C..C.G.C.T .......G..
T. maxima ..C.G...C. .......... .....A..G. .......... C..C.G.C.T .......G..
T. squamosa ..C.....C. .......... .....A..G. .......... C..C.G.C.T .......G..
961 971 981 991 1001 1011 1020
| | | | | | |
L. kambeul G-TTT--TCG GAACTGGAGG TAATGATTAA CAGGGACAAA CGGGGGCATT CGTATTGCGG
M. edulis .G........ ..G..C.... .......... G......TG. .......... ......A...
P. magellanicus .G........ .....T.... .........T G.......G. .......... ......A...
C. islandica .G........ .....T.... .......... G.......G. .......... ......A...
S. solidissima .G........ ..G..C.... .......... T.......G. .......... ..........
T. nuttali .G........ ..G..C.... .......... T.......G. .......... ..........
C. cardissa .GGC-..GT. .CG.AC.... .......... G.T....TGC .........A ....C.....
F. fragum -GG.-..G.. .CG.AC.... .......... G......TGC .........A ....C.....
F. unedo -GG.-..G.. .CG.AC.... .......... G......TGC .........A ....C.....
V. flavum .G.....A.. .TG..C.... ........G. G......GGC .......C.A ....C.....
F. mutica .G.....A.. .TG..C.... .......... T......TGC .......C.A ....C.....
H. hippopus .G...CA... ..G.GC.... .......... G......TGC .........A ....C.....
H. porcellanus .G...CA... ..G.GC.... .......... G......TGC .........A ....C.....
T. gigas .G..-..A.. ..G.GC.... .......... G......GGC .........A ....C.....
T. derasa .G.....A.. ..G.GC.... .......... G......GGC .........A ....C....T
T. crocea .G.....A.. ..G.GC.... .......... G......GGC .........A ....C....T
T. maxima .G.....A.. ..G.GC.... .......... G......GGC .........A ....C....T
T. squamosa .G.....A.. ..G.GC.... .......... G......GGC .........A ....C....T
1021 1031 1041 1051 1061 1071 1080
| | | | | | |
L. kambeul CGTTAGAGGT GAAATTCTTG GATCGCCGCA AGACGAGCTA CTGCGAAAGC ATTTGTCAAG
M. edulis T......... .......... ........T. ......A... .......... .....C....
P. magellanicus T......... .......... ........T. ......A... .......... .....C....
C. islandica T......... .......... ........T. ......A... .......... .....C....
S. solidissima ..C....... .......... ..C..T.... ......A... .A....T... .....C....
T. nuttali ..C....... .......... ..C..T.... ......A... .A....T... .....C....
C. cardissa ..CG...... ........GT ..C..T.... G.....A... AA.....G.. .....C....
F. fragum ..CG...... ........GT ..C..T.... G......... AA.....G.. .....C....
F. unedo ..CG...... ........GT ..C..T.... G......... AA.....G.. .....C....
V. flavum ..CG...... ........GT ..C..T.... G.....A.G. AA........ .....C....
F. mutica ..CG...... ........GT ..C..T.... G.....A.G. AA........ .....C....
H. hippopus ..CG...... ........GT ..C..T.... G.....A.G. AA........ .....C....
H. porcellanus ..CG...... ........GT ..C..T.... G.....A.G. AA........ .....C....
T. gigas ..CG...... ........GT ..C..T.... G.....A.G. AA........ .....C....
T. derasa ...G...... ........GT ..C..T.... G.....A.G. AA........ .....C....
T. crocea ...G...... ........GT ..C..T.... G.....A.G. AA........ .....C....
T. maxima ...G...... ........GT ..C..T.... G.....A.G. AA........ .....C....
T. squamosa ...G...... ........GT ..C..T.... G.....A.G. AA........ .....C....
1081 1091 1101 1111 1121 1131 1140
| | | | | | |
L. kambeul AATGTTTTCA TTAATCAAGA ACGAAAGTCA GAGGCGCGAA GACGATCAGA TACCGTCGTA
M. edulis C......... ...G...... .......... ....TT.... .......... ..........
P. magellanicus .......... .......... T......... ....TT.... .......... ..........
C. islandica .......... .......... T......... ....TT.... .......... ..........
S. solidissima C...C..... .......... .......... ....TT.... .......... ..........
T. nuttali C...C..... .......... .......... ....TT.... .......... ..........
C. cardissa .....C.... ......C... .......... .....T.... .......... ..........
F. fragum .....C.... ......C... .......... .....T.... .......... ..........
F. unedo .....C.... ......C... .......... .....T.... .......... ..........
V. flavum .........C .......... .......... ....TT.... .......... ..........
F. mutica ......C..C .......... .......... ....TT.... .......... ..........
H. hippopus .........C .......... .......... ....TT.... .......... ..........
H. porcellanus .........C .......... .......... ....TT.... .......... ..........
T. gigas .........C .......... .......... ....TT.... .......... ..........
T. derasa .........C .......... .......... ....TT.... .......... ..........
T. crocea .........C .......... .......... ....TT.... .......... ..........
T. maxima .........C .......... .......... ....TT.... .......... ..........
T. squamosa .........C .......... .......... ....TT.... .......... ..........
1141 1151 1161 1171 1181 1191 1200
| | | | | | |
L. kambeul GTTCTGACCA TAAACGATGC CGACTAGCGA TCCGCAGGAG -TTGCTTCGA T-GACTCTGC
M. edulis .......... .......... .A........ .....C.... ........A. .......G..
P. magellanicus .......... .......... .A........ .....C.... ........A. .......G..
C. islandica .......... .......... .A........ .....C.... ........A. .......G..
S. solidissima .......... .......... .A...GT... .....C.... ........A. .......G..
T. nuttali .......... .......... .A...GT... .....C.... ........A. .......G..
C. cardissa .........G .....TC... .T...G..A. .....C.AC. .G.ATC..A. C......G..
F. fragum .........G .....TC... .T...G..A. .....C.AC. .G.ATC..A. C......G..
F. unedo .........G .....TC... .T...G..A. .....C.AC. .G.ATC..A. C......G..
V. flavum .........G .....T.... .A...GA.CC .....C.TT. G......TAT ......GG..
F. mutica .........G .....T.... .A...GA.CC .....C.TT. G......TAT ......GG..
H. hippopus ........TG C....T.... .A..CGT.TC .....C..C. .......TTT .T...C.G..
H. porcellanus ........TG C....T.... .A..CGT.TC .....C..C. .......TTT .T...C.G..
T. gigas .........G C....T.... .A..CGA.AC .....C..C. .......AAT .....C.G..
T. derasa .........G C....T.... .A..CGA.AC .....C.... .......AAT .....C.G..
T. crocea .........G C....T.... .A..CGA.AC .....C.... .......AAT .....C.G..
T. maxima .........G C....T.... .A..CGA.AC .....C.... .......AAT .....C.G..
T. squamosa .........G C....T.... .A..CGA.AC .....C.... .......AAT .....C.G..
1201 1211 1221 1231 1241 1251 1260
| | | | | | |
L. kambeul GGGCAGCTTC C-GGGAAACC AAAGTTTTTG GGTTCCGGGG GAAGTATGGT TGCAAAGCTG
M. edulis A......CC. .......... .......... .......... .......... ..........
P. magellanicus .........A .......... .......... .......... .......... ..........
C. islandica .........A .......... .......... .......... .......... ..........
S. solidissima ......AC.. .......... .....G.... .......... .G........ ..........
T. nuttali ......AC.. .......... .......... .......... .G........ ..........
C. cardissa .A..G..C.A .C........ .......... .......... .G....C... C....G....
F. fragum .A..G..C.A .......... .....G.... .......... .G....C... C....G....
F. unedo .A..G..C.A .......... .....G.... .......... .G....C... C....G....
V. flavum .A.G...C.. .......... .....C.... .......... .G....C... ..........
F. mutica .A.G...C.. .......... .....C.... .......... .G....C... ..........
H. hippopus AA.G...CCA ...A....T. .G...C..C. .......... .G....C... ..........
H. porcellanus AA.G...CCA ...A....T. .G...C..C. .......... .G....C... ..........
T. gigas .A.G...CC. .......... .......C.. .......... .G....C... ..........
T. derasa .A.G..TCC. .......... .......C.. .......... .G....C... ..........
T. crocea .A.G..TCC. .......... .......C.. .......... .G....C... ..........
T. maxima .A.G..TCC. .......... .......C.. .......... .G....C... ..........
T. squamosa .A.G..TCC. .......... .......C.. .......... .G....C... ..........
1261 1271 1281 1291 1301 1311 1320
| | | | | | |
L. kambeul AAACTTAAAG GAATTGACGG AAGGGCACCA CCAGGAGTGG AGCCTGCG-C TTAATTTGAC
M. edulis .......... .......... .......... .......... ........G. ..........
P. magellanicus .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. islandica .......... .......... .......... .......... ........G. ..........
S. solidissima .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
T. nuttali .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
C. cardissa .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
F. fragum .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
F. unedo .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
V. flavum .......... .......... .......... .A...G.... ......T.G. ..........
F. mutica .......... .......... .......... .A...G.... ......T.G. ..........
H. hippopus .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
H. porcellanus .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
T. gigas .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
T. derasa .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
T. crocea .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
T. maxima .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
T. squamosa .......... .......... .......... .......... ......T.G. ..........
1321 1331 1341 1351 1361 1371 1380
| | | | | | |
L. kambeul TCAACACGGG AAAACTCACC CGGTCCGGAC ACTGTAAGGA TTGACAGATT GATAGCTCTT
M. edulis .......... .......... ...C...... .......... .......... ..G.......
P. magellanicus .......... .......... ...C...... .......... .......... ..G.......
C. islandica .......... .......... ...C...... .......... .......... ..G.......
S. solidissima .......... G..C...... ...C...... ..C..T.... .......... ..G.......
T. nuttali C......... G..C...... ...C...... ..C..T.... .......... ..G.......
C. cardissa .......... .......... .......... ....GT.... ........C. A.-.......
F. fragum .......... ...C...... .......... ....GT.... ........C. A.-C......
F. unedo .......... ...C...... .......... ....GT.... ........C. A.-C......
V. flavum .......... ...C...... .......... ....G..... ........C. A.-C......
F. mutica .......... ...C...... .......... ....G..... ........C. A.-C......
H. hippopus .......... ...T...... .......... ....G..... ........C. A.-.......
H. porcellanus .......... ...C...... .......... ....G..... ........C. A.-.......
T. gigas .......... ...C...... .......... ....G..... ........C. A.-.......
T. derasa .......... ...C...... .......... ....G..... ........C. A.-.......
T. crocea .......... ...C...... .......... ....G..... ........C. A.-.......
T. maxima .......... ...C...... .......... ....G..... ........C. A.-.......
T. squamosa .......... ...C...... .......... ....G..... ........C. A.-.......
1381 1391 1401 1411 1421 1431 1440
| | | | | | |
L. kambeul TCTTGATTCG GTGGGTGGTG GTGCATGGCC GTTCTTAGTT GGTGGAGCGA TTTGTCTGGT
M. edulis .......... .......... .......... .......... .......... ..........
P. magellanicus .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. islandica .......... .......... .......... .......... .......... ..........
S. solidissima .......... .......... .......... .......... .......... ..........
T. nuttali .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. cardissa ....A....A .......... .......... .......... .......T.. ..........
F. fragum ....A....A .......... .......C.. .......... .......T.. ..........
F. unedo ....A....A .......... .......... .......... .......T.. ..........
V. flavum .........A .......... .......... .......... ......A... ..........
F. mutica .........A .......... .......... .......... ......A... ..........
H. hippopus .........A .......... .......... .......... .......T.. ..........
H. porcellanus .........A .......... .......... .......... .......T.. ..........
T. gigas .........A .......... .......... .......... .......T.. ..........
T. derasa .........A .......... .......... .......... .......T.. ..........
T. crocea .........A .......... .......... .......... .......T.. ..........
T. maxima .........A .......... .......... .......... .......T.. ..........
T. squamosa .........A .......... .......... .......... .......T.. ..........
1441 1451 1461 1471 1481 1491 1500
| | | | | | |
L. kambeul TAATTCCGAT AACGAACGAG ACTCTAGCCT ATTAAATAGT TCG------- ----------
M. edulis .......... .......... .......... .C........ .......... ..........
P. magellanicus .......... .......... .......... GC........ ..A....... ..........
C. islandica .......... .......... .......... GC........ ..A....... ..........
S. solidissima .......... .......... .......... GC.......C .......... ..........
T. nuttali .......... .......... .......... GC.......C .......... ..........
C. cardissa .......... .......... .....T.... GC........ ...GGGACCC AGG...GACC
F. fragum .......... .......... .....T.... GC........ ...GGGACCT AGGTCCGTCC
F. unedo .......... .......... .....T.... GC........ ...GGGACCT AGGTCCGTCC
V. flavum .......... .......... .....C.... GC........ .......... ....G.....
F. mutica .......... .......... .....C.... GC........ .......... ....G.....
H. hippopus .......... .......... .....C.... GC........ .TT....... ....C.....
H. porcellanus .......... .......... .....C.... GC........ .TT....... ....C.....
T. gigas .......... .......... .....C.... GC........ .T........ ....T.....
T. derasa .......... .......... .....C.... GC........ .T-....... ....T.....
T. crocea .......... .......... .....C.... GC........ .T-....... ....T.....
T. maxima .......... .......... .....C.... GC........ .T-....... ....T.....
T. squamosa .......... .......... .....C.... GC........ .T-....... ....T.....
1501 1511 1521 1531 1541 1551 1560
| | | | | | |
L. kambeul ---------- ---CCGGTTC CT---CGATC G--------- -CCGGCG-CA ACTTCTTAGA
M. edulis .......... ....T.A.C. .CA..TTTG. .......... .T........ ..........
P. magellanicus .......... ......A.C. GC...TCTG. .......... .T...T.... ..........
C. islandica .......... ......A.C. GC...TCTG. .......... .T...T.... ..........
S. solidissima .......... ...GG.A.C. T......CGA .......... .T.CC..T.. G.........
T. nuttali .......... ...GG.A.C. T......CGA .......... .T.CC..T.. G.........
C. cardissa GCTCTCGAGC GGA..C.C.A .GGGT.ACC. .CAAACACTC CA...A.T.. ..........
F. fragum GCTCTGCGGG GGA..T.C.T .GGGT.AC.. ...ATCGCTC TA...A.C.. ..........
F. unedo GCTCTGCGGG GGA..T.C.T .GGGT.AC.. ...ATCGCTC TA...A.C.. ..........
V. flavum .......... GGA.GCC..A ..ACTA.CG. .T.......C G..C..TAG. ..........
F. mutica .......... GGA.GCC.AA T-...-.CG. .T.......C ...C..TCG. ..........
H. hippopus .......... CAG.AC.CAA G....-.C.G .A.......G .GTC.ACGA. ..........
H. porcellanus .......... CAG.AC.CAA G....-.C.G .A.......G .GAA.ACAA. ..........
T. gigas .......... GCATGTC... G....-.CA. AC........ .GAATAAAA. ..........
T. derasa .......... CCATAC...A GG...-TTAT .......... .GAACGTAA. -.........
T. crocea .......... CCATAC...A .C...-TTAT .......... .GAAC.TAA. -.........
T. maxima .......... CCATAC...A .....-TTAT .......... .GAAC.TAA. ..........
T. squamosa .......... CCATAC...A .C...-TTAT .......... .GAAC.TAA. -.........
1561 1571 1581 1591 1601 1611 1620
| | | | | | |
L. kambeul GGGACGAGTG GCGTTTAGCC A-ACGAGATT GAGCAATAAC AGGTCTGTGA TGCCCTTAGA
M. edulis .....A.... .......... .C........ .......... .......... ..........
P. magellanicus .....A.... .......... .C........ .......... .......... ..........
C. islandica .....A.... .......... .C........ .......... .......... ..........
S. solidissima .....AG... ...C...... .C........ .......... .......... ..........
T. nuttali .....AG... ...C...... .C........ .......... .......... ..........
C. cardissa ..C..A.... ...C...... .C....A.CG .......... .......... ..........
F. fragum ..C..A.... ...C...... .C....A.CG .......... .......... ..........
F. unedo ..C..A.... ...C...... .C....A.CG .......... .......... ..........
V. flavum ..T..A.... .......... .C....A.CG .......... .......... ..........
F. mutica ..T..A.... .......... .C....A.CG .......... .......... ..........
H. hippopus ..T..A.... .......... .C....A.CA .......... .......... ..........
H. porcellanus ..T..A.... .......... .C....A.CA .......... .......... ..........
T. gigas ..T..A.... .......... .C....A.CA .......... .......... ..........
T. derasa ..T..A.... .......... .C....A.CA .......... .......... ..........
T. crocea ..T..A.... .......... .C....A.CA .......... .......... ..........
T. maxima ..T..A.... .......... .C....A.CA .......... .......... ..........
T. squamosa ..T..A.... .......... .C....A.CA .......... .......... ..........
1621 1631 1641 1651 1661 1671 1680
| | | | | | |
L. kambeul TGTCCGGGGC CGCACACACG CTACACTGAA GGAATCAGCG TGGAT-GCCT CCCTGGCCCG
M. edulis ...T...... .....G.G.. .......... .......... ..TC..TTGC ..T..C.TG.
P. magellanicus ...TA..... .....G.G.. .......... .......A.. ..CTC.TTA. ..T..C..G.
C. islandica ...T...... .....G.G.. .......... .......A.. ..CTC.TTA. ..T..C..G.
S. solidissima ...T...... ......TG.. .....A.... T.G....... ..CG..CT.G ..TG.T..GA
T. nuttali ...T...... ......TG.. .....A.... T.G....... ..CG..CT.G ..TG.T..GA
C. cardissa .......... ......TG.. .....A..GC TAC....... C.AG..---- -.T.TC.TGA
F. fragum .......... ......TG.. .....A..GC T.C....... C.AG..---- -.TCTC.TGA
F. unedo .......... ......TG.. .....A..GC T.C....... C.AG..---- -.TCTC.TGA
V. flavum .......... ......TGT. .....T..GG T.C.C..... ..T...-.A. A.TC.C..GA
F. mutica .......... ......TGT. .....A..G. T.C.C..... ..T...-.A. A.TC.C..GA
H. hippopus .......... ......TGT. .....A..G. T.C.A..... G.T..GC.AA ..TG.C..GA
H. porcellanus .......... ......TGT. .....A..G. T.C.A..... G.T..GC.AA ..TG.C..GA
T. gigas .......... ......TGT. .....A.... T.C....A.. G.T...-.AG ..TC.C..GA
T. derasa .......... ......TGT. .....A.... T.C....A.. ..T...-.AG ..TC.C..GA
T. crocea .......... ......TGT. .....A.... T.C....A.. ..T...-.AG ..TC.C..GA
T. maxima .......... ......TGT. .....A.... T.C....A.. ..T...-.AG ..TC.C..GA
T. squamosa .......... ......TGT. .....A.... T.C....A.. ..T...-.AG ..TC.C..GA
1681 1691 1701 1711 1721 1731 1740
| | | | | | |
L. kambeul AAAGGTTGGG AAACCCGTTG AATCTCCTTC GTGCTAGGGA TTGGGGCTTG TAATTCTTCC
M. edulis ......C... T......... ..C....... .......... .......... ..........
P. magellanicus ..G....... T......... ..C....... .......... .......... ..........
C. islandica ..G....... T......... ..C....... .......... .......... ..........
S. solidissima ..G.A.C... .......... ..C.C.A... ..A....... .......... C....G....
T. nuttali ..G.A.C... .......... ..C.C.A... ..A....... .......... C....G....
C. cardissa ..G..CAA.. G....G-C.C ..C.G.AG.. TC.G.T.... ......GC.. C..G.G.C..
F. fragum ..G..CGA.. .....G-C.C ..C.G.AG.. CC.G.T.... ......GC.. C..G.G.C..
F. unedo ..G..CGA.. .....G-C.C ..C.G.AG.. CC.G.T.... ......GC.. C..G.G.C..
V. flavum ..G...A... G..T...C.. ..C.G.A... TC.G.T.... ......A... C....A..T.
F. mutica ..G...A... G..T...C.. ..C.G.A... TC.G.T.... ......A... C....A..T.
H. hippopus ..G....... G..T..-C.A ..CGG.A... TCAG...... ......A... C.......T.
H. porcellanus ..G....... G..T..-C.A ..CGG.A... TCAG...... ......A... C.......T.
T. gigas ..G....... G..T..TC.. ..CGG.A... TCAG...... ......A... C....A..T.
T. derasa ..G....... G..T...C.. ..CGG.A... TCAG...... ......A... C....A..T.
T. crocea ..G....... G..T...C.. ..CGG.A... TCAG...... ......A... C....A..T.
T. maxima ..G....... G..T...C.. ..CGG.A... TCAG...... ......A... C....A..T.
T. squamosa ..G....... G..T...C.. ..CGG.A... TCAG...... ......A... C....A..T.
1741 1751 1761 1771 1781 1791 1800
| | | | | | |
L. kambeul CCATGAACGA GGAATTCCCA GTAAGCGAGA GTCATAAG-T CGCGTTGATT ACGTCCCTGC
M. edulis .......... .......... .......C.. ........C. .......... ..........
P. magellanicus .......... .......... .......C.. ........C. .......... ..........
C. islandica .......... .......... .......C.. ........C. .......... ..........
S. solidissima .......... .......... ...G...C.. .....C..C. .....C.... ..........
T. nuttali .......... .......... ...G...C.. .....C..C. .....C.... ..........
C. cardissa ........AC ........T. ...G...CC. .....C..C. G....C.... GA........
F. fragum ........AC ........T. ...G...CC. .....C..C. G....C.... GA........
F. unedo ........AC ........T. ...G...CC. .....C..C. G....C.... GA........
V. flavum .........C .....C..T. ...G...CC. .....C..C. G....C.... CA........
F. mutica .........C .....C..T. ...G...CC. .....C..C. G....C.... CA........
H. hippopus ........AC .......... ...G...CC. .....C..C. G....C.... GA........
H. porcellanus ........AC .......... ...G...CC. .....C..C. G....C.... GA........
T. gigas ........AC .......... ...G...CC. .....C..C. G....C.... GA........
T. derasa ........AC .......... ...G...CC. .....C..C. G....C.... GA........
T. crocea ........AC .......... ...G...CC. .....C..C. G....C.... GA........
T. maxima ........AC .......... ...G...CC. .....C..C. G....C.... GA........
T. squamosa ........AC .......... ...G...CC. .....C..C. G....C.... GA........
1801 1811 1821 1831 1841 1851 1860
| | | | | | |
L. kambeul CCTTTGTACA CACCGCCCGT CGCTAC-TAT CGATTGAGCG GTTCAGTGAG GGCCTCGGAT
M. edulis .......... .......... .........C ......G... T..T...... C.........
P. magellanicus .......... .......... ......C..C .......TT. ...TG..... CT........
C. islandica .......... .......... .........C .......AT. A..T...... CT........
S. solidissima .......... .......... .........C ....C.CT.C AG.T.A.... CT.T......
T. nuttali .......... .......... .........C ....C.CT.C AG.T.A.... CT.T......
C. cardissa .......... .......... .........C ....C.CT.T CG.T.A.... CC.G......
F. fragum .......... .......... .........C ....C.CT.T CG.T.A.... CC.G......
F. unedo .......... .......... .........C ....C.CT.T CG.T.A.... CC.G......
V. flavum .......... .......... .........C ....C.CT.T TG.T.A.... CCTG......
F. mutica .......... .......... .........C ....C.CT.T TG.T.A.... CCTG......
H. hippopus .......... .......... .........C ....C.CT.T TG.T.A.... CTTG......
H. porcellanus .......... .......... .........C ....C.CT.T TG.T.A.... CTTG......
T. gigas .......... .......... .........C ....C.CT.T TG.T.A.... CTTG......
T. derasa .......... .......... .........C ....C.CT.T TG.T.A.... CTTG..A...
T. crocea .......... .......... .........C ....C.CT.T TG.T.A.... CTTG......
T. maxima .......... .......... .........C ....C.CT.T TG.T.A.... CTTG......
T. squamosa .......... .......... .........C ....C.CT.T TG.T.A.... CTTG......
1861 1871 1881 1891 1901 1911 1920
| | | | | | |
L. kambeul TGGTCTCG-G TCTGGTAC-- ---------- ---------- ---------- GCAAGTGCTG
M. edulis ...A.C..GA AA....TG.. .......... .......... .......... ....CAA.C.
P. magellanicus .....C...A CAC..GGG.. .......... .......... .......... ....CCCTC.
C. islandica .....C...A CAC..GGG.. .......... .......... .......... ....CCCTC.
S. solidissima ...A.C..T. GGCCCGCT.. .......... .......... .......... T.GC.GCGG.
T. nuttali ...A.C..TA GGCCCGCT.. .......... .......... .......... T.GC.GTGG.
C. cardissa ...A.C..GT GGG.TGCTCT TCTG...... .......... ........GG ..GCC.CGC.
F. fragum ...A.C..GT GGG.CGCGTT C......... .......... ........GC .TGCCCCGC.
F. unedo ...A.C..GT GGG.CGCGTT C......... .......... ........GC .TGCCCCGC.
V. flavum G..A.C..GT GAGC.GG.CT TCG....... .......... .......... .GCCTGCGA.
F. mutica G..A.C..GT GAGT.GG.CT TCGC...... .......... .......... .GCCTACGA.
H. hippopus C..A.C..GT GGGCCCT... .......... .......... .........T CGGG.GC.C.
H. porcellanus C..A.C..GT GGGCCCTT.. .......... .......... .........T CGGG.GCTC.
T. gigas ...A.C..GT GAGCAGT.G. .GT....... .......... ........TT CGTCTGCGA.
T. derasa ...A.C..GT GAGCAGT.GT TG.GTTTCAT CTCCTCGCGG GGTGTGCCTT CGTCTGCGA.
T. crocea ...A.C..GT GAGCAGT.GT TGCGCTCCAT CTCCTCGCGG GGTGGGCCTT CGTCTGCGA.
T. maxima ...A.C..GT GAGCAGT.GT TGCGCTTCAT CTCCTCGCGG GGTGGGCCTT CGTCTGCGA.
T. squamosa ...A.C..GT GAGCAGT.GT TGCGCTTCAT CTCCTCGCGG GGTGGGCCTT CGTCTGCGA.
1921 1931 1941 1951 1961 1971 1980
| | | | | | |
L. kambeul GCAC---CGC TGGCCGAGAA GAAGCTCGAA CTCGATCGCT TGGAGAAAGT AAAAGTCGTA
M. edulis TAC....G.T GT.....A.. ..C..G.A.. ..T..A...C .A...G.... ..........
P. magellanicus AGT....G.T GC........ ..C.AG.A.. ..T...TAT. .A...G.... ..........
C. islandica AGT....G.T GT.....A.. ..C.AG.A.. ..T...TAT. .A...G.... ..........
S. solidissima C.GT.....G .......... ..T..G.A.. T.GACCG.GG .A...GTC.. ..........
T. nuttali C..T.....G .......... ..T..G.A.. T.GACCG.GG .A...GTC.. ..........
C. cardissa T..T.GGT.T CT........ ..T.GG.... T.ATCGG.GG .A...GG... ..........
F. fragum T.CT.GGT.T .T........ ..T.GG.... T.ATCGG.AG .A...G.... ..........
F. unedo T.CT.GGT.T .T........ ..T.GG.... T.ATCGG.AG .A...G.... ..........
V. flavum CTCT.GGT.T .T...T.... ..CCGG.... T.ATCCG.GG .A...G.... ..........
F. mutica C.CT.GGT.T .T...C.... ..CCGG.... T.TACCG.GG .A...G.... ..........
H. hippopus CTTT.GG..T CT........ ..TCGG.... T.ATC.G.AG .A...G.... ..........
H. porcellanus CTTT.GGT.T CT........ ..TCGG.... T.ATC.G.AG .A...G.... ..........
T. gigas CTTT.GGT.T AC........ ..TCGG.A.. T.ATC.G.AG .A...G.... ..........
T. derasa CTTTTGGT.T AT........ ..TCGG.A.. T.ATC.G.AG .A...G.... ..........
T. crocea CTTT.GGT.T .T........ ..TCGG.A.. T.ATC.G.AG .A...G.... ..........
T. maxima CTTTTGGT.T AT........ ..TCGG.A.. T.ATC.G.AG .A...G.... ..........
T. squamosa CTTT.GGT.T AT........ ..TCGG.A.. T.ATC.G.AG .A...G.... ..........
1981
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L. kambeul ACAA
M. edulis ....
P. magellanicus ....
C. islandica ....
S. solidissima ....
T. nuttali ....
C. cardissa ....
F. fragum ....
F. unedo ....
V. flavum ....
F. mutica ....
H. hippopus ....
H. porcellanus ....
T. gigas ....
T. derasa ....
T. crocea ....
T. maxima ....
T. squamosa ....
L. kambeul : Limicolaria kambeul
M. edulis : Mytilus edulis
P. magellanicus : Placopecten magellanicus
C. islandica : Chlamys islandica
S. solidissima : Spisula solidissima
T. nuttali : Tresus nuttali
C. cardissa : Corculum cardissa
F. fragum : Fragum fragum
F. unedo : Fragum unedo
V. flavum : Vasticardium flavum
F. mutica : Fulvia mutica
H. hippopus : Hippopus hippopus
H. porcellanus : Hippopus porcellanus
T. gigas : Tridacna gigas
T. derasa : Tridacna derasa
T. crocea : Tridacna crocea
T. maxima : Tridacna maxima
T. squamosa : Tridacna squamosa
